Optimisation de la collecte nationale et du stockage des spécimens de mammifères aquatiques, dans la perspective d'une meilleure valorisation scientifique.

Organisé durant le XXVIIème Colloque de Mammalogie de la SFEPM (Limoges, octobre 2004) sous forme de table ronde1, ce thème a fait suite à une réunion informelle tenue le 10 mars 2004 au Muséum National d'Histoire Naturelle à Paris, concernant l'état des lieux et l'organisation en France d'un réseau de collecte des spécimens de mammifères aquatiques "patrimoniaux" (loutre, vison d'Europe, castor...) ou non, et l'inventaire des études et recherches associées (biométrie, anatomopathologie, toxicologie, parasitologie, génétique...). Inscrite au Plan de Restauration de la Loutre en France (MATE, 2000), cette initiative porte notamment sur l'état de la collecte et du stockage des spécimens de loutres, en particulier en ce qui concerne les réseaux naturalistes, l'oncfs, les muséums régionaux, les zoos..., la mise au point de fiches de collecte, de protocoles post-mortem adaptés, d'un Réseau d'épidémiosurveillance en France... etc. Cet article fait le point sur l'avancement de cette démarche, afin de mieux optimiser en amont les processus de collecte et stockage et en aval les besoins de recherche finalisée à la conservation des espèces.

Inscrite notamment au Plan de Restauration de la Loutre en France (MATE, 2000), initiative relancée en réunion du Groupe Loutre National de la SFEPM en mars 2003, la collecte de specimens trouvés morts de loutres – et autres mammifères aquatiques – s' est développée dans les diverses régions françaises via des structures publiques (Museums, agents de l' Office National de la Chasse, Conseil Supérieur de la Pêche…) ou privées (Fédérations de Chasse ou de Pêche, généralement pour taxidermie des specimens, réseaux naturalistes sous couvert d' Associations nationales ou régionales, individuels…etc). Cette collecte n' a pas nécessairement fait toujours le lien avec les besoins, en aval, exprimés au niveau de la recherche scientifique. Ceci a abouti à une situation finalement assez préjudiciable, et parfois inextricable, à un avancement des connaissances finalisées à la conservation des espèces. Certains spécimens collectés ne sont pas localisables, exploitables, ou sont même détruits in fine « pour faire de la place dans les congélateurs », ce qui constitue une perte précieuse d' information pour des espèces rares et protégées.

L' objet de la réunion informelle tenue le 10 mars 2004 au Muséum National d'Histoire Naturelle à Paris2 a visé à dresser un état des lieux et tenter de mieux organiser en France un réseau plus transparent de collecte des spécimens de mammifères aquatiques "patrimoniaux" (loutre, vison d'Europe, castor...) ou non, et l'inventaire des études et recherches associées. La table ronde organisée au Colloque de Limoges en octobre 2004 a permis de réévoquer cette question.

1. Etat des lieux et organisation d'un réseau de collecte des spécimens

F. Léger a précisé que l'ONCFS a mis en place un carnet de bord petits carnivores (sauf renard) disposé dans chaque véhicule des agents des services départementaux et qui permet la récolte de 8000 à 9000 données/an, dont 10 à 20 informations de loutres, mais :

- il n'y a pas forcément de dépouilles de spécimens associés à ces données

- la collecte des cadavres par les services de l'ONCFS n'est pas systématique, sauf dans les départements où la loutre est rare ou très rare. Dans ce cas, les découvertes font généralement l'objet d'un rapport des services concernés qui est transmis au CNERA prédateurs. Certaines loutres sont encore conservées dans les congélateurs de l'ONCFS. D'autres ont été aiguillées jusqu'à 2003 vers le Muséum de La Rochelle.

F. Léger a posé la question du retour d'informations, vers les collecteurs, des résultats des recherches effectuées sur les spécimens de loutres.

Le CNERA-PAD de l' ONCFS ayant validé le principe de la démarche de Réseau, ainsi que le contenu de la fiche de collecte remplie par les agents de terrain, François Léger va faire envoyer une note de cadrage aux Directions régionales de l'ONCFS pour obtenir et transmettre un état des lieux précis des spécimens conservés.

Au sujet des castors, une vingtaine de spécimens sont trouvés annuellement en France (34 pour l'année 2001 et le 1er semestre 2002). Il s'agit principalement d'animaux victimes de collisions qui font l'objet d'une fiche "mortalité" remplie par le correspondant du réseau castor de l'ONCFS. Toutefois, les dépouilles ne sont pas stockées et sont généralement détruites. Remarquant que ces spécimens devraient au moins être aiguillés vers le sagir (cf. missions infra), François Moutou a déploré cette perte d'information (par exemple : recherche de leptospirose chez le castor) s'agissant d'un matériel biologique rare, d'espèces protégées et mal connues. Il a interrogé l'Institut Français de la Biodiversité sur cette question.

S' est posée la question de l'état des stocks de loutres entreposés au Muséum de La Rochelle (combien ? sous quelle forme ? congelés ? préparés ? devenir de ces stocks ?), que G. Véron (MNHN) a interrogé. Un courrier standard d' information sur la structuration du Réseau va être progressivement envoyé à tous les autres Muséums régionaux.

Pascal Fournier (Mission Vison) fait un rappel sur le réseau vison d' Europe : il concerne huit à neuf départements du sud-ouest, récupération de cadavres, stockés congelés. Loutres : Jusque 2003, les prélèvements requis pour les études connues par le GREGE étaient faits, transmis aux structures en demande puis le cadavre définitivement exploité était transmis à la Rochelle. Depuis 2003, les prélèvement habituels sont réalisés, stockés au GREGE tout comme le cadavre.

En matière de collecte, J.R. Gaillet (ONCFS Unité sanitaire de la faune) n' a pas estimé réaliste d'ajouter une procédure de collecte supplémentaire (par exemple : transmission de tous les spécimens à l'école du Bouchet dans le Loiret), mais pose la question de profiter du réseau existant (SAGIR), sur le modèle de ce qui se fait pour le chat sauvage. La question se pose de la nécessité de centraliser et de standardiser : le réseau SAGIR peut-il être mis à contribution? Un intérêt est une possibilité du transport d'animaux protégés. Mais s' agissant des missions du SAGIR, les espèces non-gibier ne sont pas prioritaires (10% des fiches en 2003) car ce sont les Fédérations départementales des Chasseurs qui paient.

L' « enregistrement SAGIR » repose sur le principe, créé en 1986, d' une fiche en 5 exemplaires autocopiants, qui garantit le suivi de l' animal et la facturation des analyses.

S'agissant des spécimens à stocker de mammifères aquatiques (protégés), L. Lafontaine a estimé que cela doit représenter en moyenne annuellement entre 50 et 100 unités pour toute la France, avec évidemment d'importantes disparités selon les régions.

Au SAGIR, il n' y a pas de "budget propre" pour cela, mais la question se pose pour un petit nombre. En fait le SAGIR collecte. Ensuite les analyses doivent dépendre des travaux entrepris et pris en charge par les labos intéressés par ces travaux. Certains laboratoires vétérinaires départementaux (LVD), qui dépendent des Conseils Généraux, s'ils sont intéressés, pourraient être des lieux éventuels de stockage des cadavres, en pensant que cela signifie aussi des congélateurs -80°C. Ces LVD représentent aussi une garantie de bonnes pratiques de laboratoire (assurance qualité).

Problème d' échelle : les spécimens seraient plutôt à regrouper au niveau (supra-) régional. Le projet est de créer une banque opérationnelle de tissus disponibles pour répondre aux problématiques de recherche en aval.

L. Lafontaine suggère alors la possibilité d'organisation suivante : elle viserait, en direction des études et recherches, à rendre plus informatif (transparent) le stockage des spécimens (base de données unique) sans pour autant que les spécimens ne soient, eux, nécessairement regroupés en un seul et même endroit; pour ce faire, il a proposé :

(a) - la définition de cinq grands secteurs au plan national, regroupant chacun plusieurs centres de stockage reconnus/identifiés/accrédités, et auxquels participeraient aussi les muséums et les zoos.

(chaque secteur regroupant trois à quatre régions et 15 à 25 départements) :

cf. carte 1

- Sud-Ouest / Adour-Garonne aval

- Massif Armoricain

- Massif Central & Rhône-Alpes

- "Centre-Nord"

- Nord-Est

Les agents ONCFS, ainsi que tout autre acteur du réseau de stockage, auraient ainsi une information claire sur les coordonnées du « centre de stockage accrédité » le plus proche.

(b) - la création et mise à jour d'une base de données centralisée (: unique) regroupant toutes les "entrées" (par ex : 1 spécimen, de telle espèce, récupéré par untel, à tel endroit, à telle date, stocké congelé par tel centre, + biométrie et prélèvements éventuels disponibles)

- réactualisation régulière de cette base, qui pourrait être mise en ligne sur un site internet (reseau-loutres.org) en direction :

a) du réseau des "collecteurs" (1er retour d'information)

b) des équipes de recherche & étudiants en aval, pour des études non nécessairement géographiquement sectorisées.

Cette base pourrait aussi idéalement prévoir une information sur le devenir ultérieur des échantillons prélevés, identification laboratoire, résultats obtenus?, soumis?, publiés?...etc.

L. Lafontaine a ainsi élaboré et transmis fin 2004 un premier modèle standardisé de la fiche de collecte qui pourrait être remplie par chaque acteur du réseau. La standardisation de la fiche d'entrée, en fait de toute la démarche, est essentielle.

Pascal Fournier a soulevé la question du stockage ultérieur : faut-il garder les spécimens?, comment ?... G. Véron a évoqué la nécessité d'un protocole de prélèvement des échantillons, puis le fait de confier ultérieurement les spécimens dans les collections nationales. Après prélèvements, le but n' est pas de stocker congelé. Une préparation des spécimens (peaux, squelette) peut-être envisagée, notamment au MNHN.

Un protocole "standard" de protocole d' autopsie et de prélèvement d' échantillons a ainsi été formalisé par L. Mercier et H. Jacques, d' après une traduction adaptée du protocole post mortem établi par V. Simpson, un vétérinaire anglais3.

2. Utilisation de la bromadiolone et autres anticoagulants contre les rongeurs nuisibles

Depuis de nombreuses années, la lutte collective contre les rongeurs classés nuisibles fait appel, au moins partiellement, à des molécules à activité anti-vitamine K ou anticoagulantes. Les principales utilisées en France sont la bromadiolone et la chlorophacinone. La lutte chimique contre le ragondin et le rat musqué repose sur ces substances, auxquelles s'ajoute le scilliroside, sous forme de radeaux employés dans les zones humides. Cependant ces traitements provoquent des accidents sur espèces non-cibles : des prédateurs et nécrophages (mustélidés, renard, rapaces), des omnivores (sangliers) et, parfois des herbivores (chevreuil, léporidés). Les mortalités observées concernent à la fois des espèces courantes et des espèces rares, protégées voire en extinction sur le territoire national (vison d'Europe...). Les analyses menées sur un échantillon de 122 cadavres de carnivores semi-aquatiques du grand sud ouest a permis de confirmer la forte contamination de ces espèces et les risques encourus4

la "circulaire bromadiolone" du 24/11/2003 :

L'Arrêté ministériel du 8 juillet 2003 précise que la lutte chimique contre les rongeurs nuisibles doit se faire à titre exceptionnel. Des dérogations sont prévues selon la présence de mammifères aquatiques protégés (cf. infra). Une transition vers l'abandon progressif de la lutte chimique à l'horizon 2006 est enfin également prévue.

JR Gaillet (ONCFS) a précisé que la circulaire d' application5 (de cet Arrêté) du 24 novembre 2003 autorise aussi l'épandage de scilliroside qui provoque un arrêt cardiaque, ce qui pose bien évidemment problème pour les espèces protégées. D'autre part, la circulaire cite nommément la présence des mammifères aquatiques « patrimoniaux » (loutre, vison d' Europe, castor…) comme dérogatoire pour ne pas utiliser la bromadiolone (et les « pièges tuants » non sélectifs). La SFEPM a été sollicitée par France Nature Environnement pour produire une zonation nationale des trois espèces, "suffisamment précise" (par cantons ou bassins versants). Via F. Moutou, L. Lafontaine a répondu à FNE que, selon lui, sauf exception, l'échelle opérationnelle la plus pertinente apparaît en premier lieu départementale (mobilité & évolution spatiale des espèces...etc.). A cette fin a été établie une première ébauche de carte synthétique nationale (présence conjointe des 3 espèces à l' échelle départementale)

Cette carte a été transmise à France Nature Environnement pour renvoi vers ses associations adhérentes le 10 janvier 2005 ( P. Guy / Réseau Agriculture FNE) :


 France Nature Environnement négocie le retrait progressif de l' usage de la bromadiolone dans la lutte contre le ragondin et le campagnol terrestre.

Cette lutte par empoisonnement, piégeage… est encadrée par un arrêté interministériel de juillet 2003 et une circulaire de novembre 2004 interdisant l' usage de la bromadiolone dans certaines situations et la restreignent, la déconseillent dans le cas de zones Natura 2000, dans les secteurs où la présence soit de la Loutre, soit du Vison d' Europe, soit du castor européen est avérée. La mise en œuvre en est assurée en département par arrêté préfectoral qu' il vous appartient de négocier.

La SFEPM (Société Française d' Étude et de Protection des Mammifères) a établi pour les associations membres de France Nature Environnement, une carte donnant par département la présence de ces espèces, que vous trouverez ci-jointe.

Cette carte à l' échelle départementale est un outil pour négocier l' abandon, ou le retrait progressif de l' usage de la bromadiolone auprès de chaque préfet départemental.

Vous trouverez par ailleurs ci-joint de bonnes cartes de répartition de la Loutre et du Vison d' Europe en France, soit selon les réseaux hydrogéographiques (Vison), soit par maillage type Atlas 1/50 000 (Loutre) qui sont à votre disposition par courriel auprès de Poitou-Charentes Nature .

Merci de bien vouloir transmettre ces informations à vos associations membres concernées. »

3. vers un Réseau d'épidémiosurveillance des mortalités des petits Carnivores en France

Pascal Fournier a suggéré l' établissement d' un Plan National de surveillance Bromadiolone auprès du Ministère de l' Ecologie (DNP) : Ph. Berny (ENV Lyon) a formalisé un premier projet6. Voici les éléments principaux de ce programme :

Ce programme national en cours de mise en place vise à établir un Réseau d'épidémiosurveillance des mortalités des petits Carnivores en France. Il serait porté conjointement par le réseau SAGIR sous l'égide de l'Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage, les laboratoires vétérinaires départementaux et le laboratoire de toxicologie de l'École Nationale Vétérinaire de Lyon (Pr P. Berny).

Des accidents constatés sur le terrain, et les inquiétudes soulevées par l'utilisation de bromadiolone en zone d'agriculture biologique ont amené l'AFSSA à proposer que ces aspects soient revus dans un programme scientifique défini. Les raticides anticoagulants sont utilisés depuis plusieurs décennies pour la lutte contre les principaux rongeurs commensaux ou sauvages. Le coumafène, le plus ancien des composés utilisés, ne permet pas de répondre très efficacement aux pullulations de rongeurs. En effet, il n'est actif qu'après plusieurs ingestions répétées et de nombreuses espèces de rongeurs ont développé des formes de résistance. Pour pallier ces déficiences, de nouvelles molécules (seconde génération) ont été développées et commercialisées. Leur principale caractéristique est d'être toxique pour le rongeur après une seule ingestion et de provoquer la mort en quelques jours.

La rémanence des anticoagulants dans le foie semble être l'élément principal à l'origine de leur toxicité secondaire. Ainsi, le brodifacoum, est impliqué dans de nombreux accidents sur la faune sauvage dans les pays où il est utilisé pour la lutte collective ou les éradications massives. En Europe, les données sont limitées. Une étude menée en Grande-Bretagne7 montre qu'il est possible de retrouver des résidus de raticides sur les mustélidés, hermine et belette. Ces résultats sont parcellaires. Deux études plus récentes8 portant sur 100 putois ont montré que 25 à 31% des animaux capturés avaient des résidus mesurables de raticides. En l'absence de données sur la toxicité des anticoagulants à ces faibles doses, il est impossible de conclure en l'état sur les risques pour l'espèce concernée. Une enquête utilisant les données du réseau SAGIR de surveillance sanitaire de la faune sauvage a mis en évidence la réalité du phénomène d'intoxication secondaire de renards et de buses variables dans notre pays9. Récemment, une recherche systématique de huit molécules d'anticoagulants dans des prélèvements de foie de spécimens de mammifères aquatiques (quatre espèces) ont montré que, globalement, 14% des échantillons étaient positifs aux anticoagulants. La plupart du temps les animaux sont morts accidentellement, mais dans trois cas la bromadiolone a été directement imputable à la mort des animaux (deux putois, un vison américain).

Graphe des anticoagulants

Présence d'anticoagulants détectés dans le foie de quatre espèces de mammifères aquatiques, en pourcentages du nombre d'animaux analysés par espèce (nombre entre parenthèses). (d' après Fournier-Chambrillon, 200410)

La collecte systématique, par l'intermédiaire du réseau SAGIR des cadavres de petits carnivores, transmis aux laboratoires vétérinaires départementaux puis au laboratoire de toxicologie de l'École Nationale Vétérinaire de Lyon permettrait d'avoir une estimation de la contamination des petits carnivores par les raticides sur l'ensemble du territoire. L'objectif de ce travail est de déterminer l'impact sur la faune non-cible des luttes chimiques contre les rongeurs au travers des chaînes alimentaires. Les résultats attendus doivent permettre de mieux cerner : les espèces concernées (parmi les prédateurs), les circonstances d'exposition, les teneurs résiduelles et les conséquences toxicologiques.

5. mise en place du Réseau de collecte : aspects logistiques

Ph. Berny précise que l'ENV de Lyon peut stocker des spécimens. Plusieurs congélateurs à -80°. Dans le Sud-Ouest, P. Fournier précise que 90% des visons sont traités à l'état frais. 3 congélateurs de 500 litres sont utilisés. A Angers (Université), les capacités de stockage sont limitées, ainsi qu' en Bretagne, mais Océanopolis Brest dispose aussi d'un peu de place ainsi qu'un congélateur -80°.

Le Plan de Restauration Loutre ne devrait-il pouvoir permettre de programmer l'acquisition de nouveaux congélateurs ?, via une commande groupée, lorsqu'ils font défaut.

François Moutou a posé aussi la question du stockage des spécimens (protégés : annexe 1 CITES) morts dans les zoos (exemple : visons d' Europe baltes de T. Maran à Thoiry). Au même titre que les Muséums, il est prévu de questionner les différents zoos pour qu'ils adhèrent et participent à l'organisation de ce réseau (s'agissant des espèces à l'annexe 1 de la CITES par exemple) : transparence des cas de mortalité subis, stockage dans l'établissement ou transmission à un « centre accrédité », participation à la base de données (fiches).

Enfin, ainsi que cela a été aussi déjà évoqué en réunion de préparation du Plan de Restauration Loutre au Ministère de l'Environnement, il serait nécessaire (dans une logique de Réseau, au delà des autorisations individuelles obtenues par certains) de remettre à jour les autorisations de transports pour le réseau de biologistes et naturalistes qui ne disposent pas d'autorisation permanente et participent aux collectes sur le terrain. Une telle autorisation (de transport de loutres) avait déjà été délivrée, par le Ministère de l' Environnement en décembre 1993, à un certain nombre de membres de la SFEPM, « sur l' ensemble du territoire national, dans le cadre du protocole fixé par le programme d' étude et de protection sur la loutre d' Europe, et visant à définir les causes réelles de mortalité, le degré de contamination des specimens par les biocides, les parasites éventuels et l' identification génétique des populations concernées » .

6. Etudes et recherches engagées ou en cours

castor :

- un travail de taxonomie ostéométrique du genre Castor en Europe a été entrepris dans les années 90 par J.L. Sénotier (Nature Centre)11, auquel ont notamment contribué G. Véron et L. Lafontaine. Il a été complété par une étude britannique liée à la faisabilité de réintroduction de l'espèce en Écosse12.

- une recherche en génétique moléculaire a été entreprise par H. Ellegren, universitaire suédois13, F. Léger/l'ONCFS et L. Lafontaine ont à sa demande fourni des échantillons.

- JF Ducroz réalise un post-doctorat en Allemagne sur les castors eurasiens et devait contacter l' ONCFS à ce sujet (sur conseil G. Veron). Pas de valorisation scientifique à l' heure actuelle pour les cadavres de castors, sauf une étude (par un vétérinaire alsacien, L. Gangloff, pour le Zoo de l'Orangerie, Strasbourg) sur Platypsyllus castoris, coléoptère parasite du castor).

- L. Lafontaine stocke (est intéressé par, aussi) des tissus et des poils de castors pour une recherche en toxicologie, notamment métaux, et éventuellement radio-écologie.

loutre :

a) biométrie

un travail de biométrie lié au calcul comparatif de la condition physique d'un échantillon français (9 départements) a été entrepris par Lionel Lafontaine 14, ce travail se poursuit, l' objectif étant d'intégrer cela de façon "automatique" dans le projet de base de données centralisée (approche interrégionale par exemple). Premier exemple concernant quelques spécimens de loutres mâles françaises.

Un bilan biométrique a été également développé sur des spécimens des Marais de l'Ouest par René Rosoux dans le cadre de sa thèse 15.

exemple comparatif (valeurs individuelles et courbes de régressions) illustrant l' indice moyen de condition physique de loutres mâles, obtenu à partir de diverses collections françaises (sources : Lafontaine, 1995 ; Rosoux, 1998 ; Brière : Moyon, comm. pers.), par rapport à celles d' Espagne (Ruiz-Olmo, 1994) ou d' Ecosse (Kruuk et al.,1987).

b) anatomopathologie, virologie

Information à préciser.

c) parasitologie

un travail a été entrepris avec R. Fons (Banyuls) 16.

d) toxicologie

S.F.E.P.M. : une première étude menée sur un échantillon de 27 loutres originaires de 8 départements français (44, 85, 17, 16, 33, 79, 15, 19); Résultats publiés par l' Institut de Zoologie de Liège (B)17 18.

Secondes analyses LPTC Bordeaux et LBEM La Rochelle, à travers 2 DEA et une thèse vétérinaire (Bustamante, comm. pers.)

Validation F. Leboulenger (Le Havre), sur matériel ayant transité chez R. Rosoux.

Lionel Lafontaine /Réseau SOS-Loutres :

- 1er volet (1987-95) portant sur l'analyse préliminaire de trois 19, puis de 24 spécimens 20 originaires de 5 régions et 9 départements français : 17, 21, 22, 29, 33, 40, 44, 56, 85. (371 analyses sur 106 échantillons de tissus).
- 2ème volet (1994-99), réalisé dans le cadre de la Cellule d'Orientation Régionale pour la Protection des Eaux contre les Pesticides en Bretagne (Préfecture de Région) : méthode complémentaire d'évaluation de la contamination des biocénoses aquatiques sur 2 bassins-tests 21 ; processus de transferts des phytosanitaires et organochlorés (triazines, insecticides et PCBs) au sein des chaînes alimentaires (sédiments, poissons, prédateur piscivore : loutre), travail de modélisation, validation d'une méthodologie de monitoring de contamination des biocénoses aquatiques (220 analyses).

- essai de synthèse avec L.F. de Alencastro (EPFL Lausanne, Suisse) concernant la problématique loutre & contamination des poissons par les PCBs (5 régions françaises + Suisse + Luxembourg) 22.
- synthèse pour le sud-ouest de l'Europe (5 pays) durant le séminaire Loutre/Ecotox de Skye/Ecosse (Ecotox Conference, septembre 2000) 23.

- l'objectif serait maintenant de poursuivre ce travail selon plusieurs axes de recherche : modélisation chaînes alimentaires, problématique seuils-poissons...etc.

Ph. Berny : deux thèses de 3ème cycle sur la loutre à l' ENV Lyon (cf articles dans ces Actes du Colloque)

- A. Mazet : Ardèche Drôme, étude écologique, pollution, aspect sociologique cf. retour de la loutre.

- Ch. Lemarchand / Univ Clermont : aspects sociologique cf. pisciculture, développement des populations, impact des polluants, PCB sur développement et survie, produits phyto & agricole.

- Impact des rodonticides (ENV Lyon, animaux collectés par P. Fournier). Cf objectif Unité INRA, arrêté anticoagulant : systématiquement loutre, vison, castor ; analyse labo SAGIR.

Cf. plan de surveillance au niveau national.

e) génétique

Un échantillon de 6 loutres des Marais de l'Ouest (sur 36 au total) a fait l'objet d'un mémoire à l'Université de Liège 24.


Un autre (17 spécimens / 5 régions) a été transmis en 1997 par L. Lafontaine à E. Randi (Italie) à sa demande pour une étude pan-européenne (8 pays), ces premiers travaux ont été publiés en 2003 25

Un autre partenaire scientifique est K.P. Koepfli, qui a soutenu sa thèse à l'Université de Californie aux usa; il a beaucoup travaillé sur les problématiques de phylogénie interspécifique. Désormais il envisage de travailler en étroite collaboration avec E. Randi, afin notamment de mutualiser efforts et moyens : l'objectif du Réseau de stockage serait alors, notamment, de continuer à transmettre des échantillons pour poursuivre ces recherches à une échelle interrégionale française/sub-européenne. L'IUCN a récemment appuyé la demande de E. Randi pour obtenir des échantillons. Plusieurs dizaines d' échantillons nouveaux de loutres françaises ont ainsi été transmis à E. Randi pour la poursuite de ces recherches, fin 2004.

7. perspectives

Une version première du site reseau-loutres.org a été mise en place fin 2004, avec téléchargement des fiches à remplir et création d' une liste ouverte de diffusion (à laquelle chaque acteur peut librement s' inscrire / se désinscrire). L' objectif est désormais d' atteindre les objectifs affichés, notamment une liste, consultable par tous, des spécimens collectés, dès lors que cette liste sera suffisamment représentative.


Une base bibliographique spécifique (tox-cad) francophone pourra aussi être mise à jour et mise ici à disposition (jointe à la base de données "spécimens collectés") : toute transmission de liste(s) de références complémentaires (y compris article soumis et "littérature grise"...etc) est ici la bienvenue.

Annexe 1 :

définition de cinq grands secteurs au plan national, regroupant chacun plusieurs centres de stockage reconnus/identifiés/accrédités

Annexes 2 et 3 :

Fiches de collecte et protocole de prélèvements post mortem

Des loutres découvertes mortes dans la nature ou en captivité sont d'une importance capitale pour la recherche. Il est donc important, pour obtenir un maximum d'informations, de les manipuler correctement et d'établir un examen post mortem consistent, détaillé et méthodique. Ce protocole d'autopsie est établi pour donner de bons résultats et autoriser des comparaisons significatives lorsque des laboratoires différents examinent des cadavres.


Lors de la découverte d'un cadavre, il est possible de le conserver au réfrigérateur entre 4 et 6°C, mais pas plus de 3 jours avant l'autopsie. Dans le cas contraire, il est préférable de le congeler à -18/-20°C. Ce procédé engendre néanmoins des altérations macroscopiques et histo-pathologiques réduisant la valeur de l'examen.


Toutes les observations d'autopsie, les résultats de laboratoire et les caractéristiques des tissus congelés à -20°C ou dans un fixateur, doivent être enregistrés de manière précise et standard.

Protocole

FICHE A : COLLECTE ET BIOMETRIE (cf page suivante)

1. Attribuer votre propre numéro de référence au cadavre qui sera ensuite renuméroté nationalement pour identifier chaque échantillon de ce cadavre (2 codes différents).

2. Mentionner la date de découverte, le lieu (avec les coordonnées géographiques si possible), le nom et l'adresse du collecteur et la cause apparente du décès.

3. Faire apparaître la date de l'autopsie et les noms des participants (vétérinaires ou non).

4. Peser à sec l'animal à 100g près pour les adultes et 10g pour les loutrons

5. Disposer l'animal sur le dos et le mesurer avec une règle rigide : du museau à l'anus puis de l'anus au bout de la queue.

En cas de mort violente (collision routière...), vérifier alors si le cadavre ne présente pas de fracture de la colonne (qui peut conduire à des mesures erronées).

Remplir la fiche jointe

FICHE B : AUTOPSIE ET PRELEVEMENTS

6. La radiographie aux rayons X est utile lorsque la cause de la mort est attribuée à un tir ou bien que le traumatisme semble inexpliqué. Ceci permet aussi de détecter les cas d'hydrocéphalie.

La carcasse doit être examinée au lecteur de puces pour déceler la présence éventuelle d'un transpondeur.

7. Faire un examen externe : cicatrices, morsures (spécialement sur le museau, la tête, les pattes et la zone ano-génitale), usure dentaire, abcès, fractures.

Noter l'état du pelage, des pelotes plantaires et des griffes.

Examiner les yeux et les oreilles.

Relever le sexe, la position et le développement des testicules et apprécier la morphologie de l'os pénien.

Enfin, tout parasite externe sera conservé dans de l'éthanol à 70%.

8. Inciser médianement le corps depuis la mâchoire jusque l'anus.

Retourner la peau et observer les dépôts adipeux sur les flancs.

Enregistrer l'état d'engraissement sur une échelle de 1 à 3.

Prélever des échantillons de gras (10-20g), les placer dans du papier aluminium et les congeler. Dans le cas d'une femelle, observer le développement des glandes mammaires et détecter la présence de lait ou de colostrum.

9. Retirer les côtes postérieures et ouvrir la paroi abdominale pour observer les organes en place. S'il n'y a rien d'anormal, prélever des échantillons pour des examens bactériologiques.

Photographier toute anomalie en référençant le cliché (numéro de carcasse).

10. Prélever et peser chaque organe ainsi que la glande thyroïde, le thymus, les glandes surrénales, le pancréas.

Les petits organes sont pesés à 2 décimales près.

11. Lorsque les conditions le permettent, placer une section de 5 mm d'épaisseur maximum de chaque tissu dans une solution de BFS pour un examen histologique. Pour le poumon,10 mm est acceptable.

Les petits organes comme la thyroïde sont placés en totalité dans le liquide conservateur.

Les tissus montrant des lésions sont aussi placés dans le liquide conservateur.

Si l'animal a montré des problèmes neurologiques, un hémisphère du cerveau doit être conservé dans du BFS.

12. En cas de suspicion d'infection virale (maladie de Carré, maladie aléoutienne...), de petits échantillons non contaminés doivent être placés dans des récipients stériles et être conservés au réfrigérateur à 4°C avant de contacter un laboratoire virologique qui donnera les conditions de manipulation et de stockage.

Si ceci n'est pas possible, alors congeler les échantillons.

13. Tous les organes doivent avoir été examinés avant d'ouvrir le tractus digestif afin d'éviter une contamination.

Examiner le contenu stomacal, l'identifier si possible avant de le stocker, congelé.

Lorsqu'un empoisonnement est suspecté, congeler impérativement le contenu stomacal.

14. Couper chaque rein longitudinalement avec au moins 2 incisions parallèles pour vérifier l'existence de calculs. S'ils sont présents, les placer dans une boîte propre (surtout pas dans du BFS à 10%).

15. Doubler l'échantillonnage (20g) de foie, de rein, de muscle squelettique et de cerveau dans du papier aluminium et les congeler pour des examens toxicologiques ultérieurs.

16. Si la loutre est morte récemment, congeler 20g de foie en vue d'une analyse de la teneur en vitamine A qui doit être conduite dans le mois au maximum).

17. Pour des analyses génétiques :

Prélever 5g de rein ou de langue et le conserver dans de l'éthanol à 95%. Sinon, le congeler. Attention ! Utiliser ici des instruments propres sur une surface non contaminée.

18. Prélever une incisive supérieure pour déterminer l'âge de l'animal. La congeler ou la conserver dans du BFS.

19. Collecter si possible un échantillon de sérum pour de futures études d'anticorps.

Sinon, ponctionner du liquide péricardique. Congeler à -20°C.

20. S'il s'agit d'une femelle gestante ou si des nouveaux-nés et des foetus sont présents, peser, sexer et mesurer les longueurs de la croupe. Il est important de déceler les problèmes de développement comme la fissure palatine, l'anophtalmie, l'hydrocéphalie...

Tout organe anormal (placenta...) doit être mis en culture pour déceler une éventuelle infection bactérienne. Les échantillons sont conservés dans du BFS.

Si possible, examiner le foie pour la vitamine A.

BFS : solution formolée à 10% (entre 5 et 10%)

FICHE B

FICHE D'EXAMEN POST-MORTEM

ET DE PRELEVEMENTS

(modifié d'après Simpson, 2002)

"Centre de stockage" :

Personnes présentes à l'examen et aux prélèvements :

N° de référence :

Longueur totale : cm Date de collecte :

Du museau à l'anus : cm Date de l'autopsie :

De l'anus au bout de la queue : cm Sexe :

Poids du corps : kg Frais ou congelé :

ORGANE

POIDS (grammes)

HISTO.

CONGEL.

Commentaires

Coeur

       

Foie

       

Rate

       

Rein D

       

Rein G

       

Thyroïde D

       

Thyroïde G

       

Surrénale D

       

Surrénale G

       

Poumon

       

Thymus cardiaque

       

Pancréas

       

Testicule D

       

Testicule G

       

Pelote plantaire

       

Yeux

       

Tissu adipeux

       

Muscle

       

Utérus/Ovaires

       

Cerveau/colonne vertébrale

       

Glande salivaire

       

Vessie

       

Contenu stomacal

       

Côtes/os

       

Incisives

       

Sang/Sérum

       

Foie : Vitamine A

       

Urine

       

annexe 4 :

circulaire Bromadiolone :

carte synthétique nationale (présence conjointe des 3 espèces à l' échelle départementale)

(SFEPM 2004)

1 Intervenants : L. Lafontaine, F. Léger, P. Fournier, Ph. Berny, G. Véron, F. Moutou, H. Jacques et L. Mercier

2 présents : AFSSA/SFEPM : François Moutou; ENV Lyon : Philippe Berny; GREGE : Pascal Fournier; MNHN : Géraldine Véron; ONCFS : François Léger (DRD) et Jean-Roch Gaillet (Unité sanitaire de la faune); RESEAU SOS-LOUTRES / IUCN-OSG : Lionel Lafontaine; Université d'Angers : Aline Bifolchi (doctorante); Franck Alary.

3 SIMPSON V.R. (2002). Post Mortem protocol for otters. Proceedings of the first otter toxicology conference. IOSF Journal, 1 : 159-166.

4 FOURNIER-CHAMBRILLON, C., P. J. BERNY, O. COIFFIER, P. BARBEDIENNE, B. DASSE, G. DELAS, H. GALINEAU, A. MAZET, P. POUZENC, R. ROSOUX et P. FOURNIER. 2004. Evidence of Secondary Poisoning of Free-Ranging Riparian Mustelids by Anticoagulant Rodenticides in France: Implications for Conservation of European Mink (Mustela Lutreola). J Wildl Dis 40: 688-695.

5 Note de service visant à organiser la mise en application de l'arrêté du 8 juillet 2003 relatif à la lutte contre le ragondin et le rat musqué (2003). Ministère de l'Ecologie et du Développement durable, Ministère de l'Agriculture, de l'Alimentation, de la Pêche et des Affaires Rurales, 34 pages.

Récemment complétée par l' Arrêté ministériel du 4 Janvier 2005 relatif à la lutte contre le campagnol terrestre, en particulier aux conditions d' emploi de la bromadiolone (J.O.R.F. du 19 janvier 2005).

6 Utilisation de la bromadiolone contre les Rongeurs nuisibles - réseau d'épidémiosurveillance des mortalités de petits carnivores en France. Mai 2004, 8pp.

7 McDonald R.A., Harris S., Turnbull G., Brown P., Fletcher M. (1998). Anticoagulant rodenticides in stoats (Mustela erminea) and weasels (Mustela nivalis) in England. Environ. Poll. 103 : 17-23

8 Shore R.F., Birks J.D.S., Freestone P. (1999). Exposure of non-target vertebrates to second-generation rodenticides in Britain with particular reference to the polecat Mustela putorius. New Zeal. J. Ecol. 23 : 199-206

9 Berny et al. (1997). Field evidence of secondary poisoning of foxes and buzzards by bromadiolone, a 4-year survey. Chemosphere, 35 : 1817-29.

10 Les opérations de contrôle des nuisibles et le Vison d' Europe - Journées techniques sur la conservation du Vison d' Europe – 19 au 22 octobre 2004 – Moliets et Maâ.

11 Sénotier, J.L. (1996). Taxonomie du genre Castor, présentation d'une étude en cours sur le castor d'origine rhodanienne. Annales biologiques du Centre, 5 : 7p.

12 Kitchener, A.C. & Lynch, J.M. (2000). A morphometric comparison of skulls of fossil British and extant Europen beavers. SNH Review, 127 : 31 pp.

13 Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala (S).

14 Lafontaine, L. (1995). Contribution à la connaissance de la contamination des milieux aquatiques en France par les PCBs, les insecticides organochlorés et les métaux lourds, à partir d'un échantillon de 24 spécimens de loutre d'Europe Lutra lutra L. originaires des Bassins Loire-Bretagne, Adour-Garonne et Seine-Normandie. Min. Env., Agence de l'Eau Loire-Bretagne, 52 pp.

15 Rosoux, R. (1998). Etude des modalités d' occupation de l' espace et d' utilisation des ressources trophiques chez la loutre d' Europe (Lutra lutra) dans le Marais Poitevin. Thèse de Doctorat. Université de Rennes I. 186 pp. + annexes.

16 Fons, R. et C. Feliu. 1996. Programme d' étude parasitologique sur la loutre d' Europe : Helminthes parasites. Laboratoire Arago. Université P. et M. Curie. Banyuls sur Mer. Rapport provisoire. 7 pp.

17 Tans M., Hugla J.L., Libois R.M., Rosoux R. et Thomé J.P. 1995. Etude du niveau de contamination par les PCBs et les pesticides organochlorés de loutres (Lutra lutra) et d' anguilles (Anguilla anguilla) issues des zones humides de l' ouest de la France. Cahiers d' Ethologie, 15 (2-3-4) : 321-324.

18 Tans M., Hugla J.L., Libois R.M., Rosoux R. & Thome J.P. 1996. Contamination of European otters(Lutra lutra) by PCB congeners and organochlorine pesticides in the wetlands of western France. Netherlands Journal of Zoology, 46 : 326-336.

19 Lafontaine, L., G. Joncour et P. Ménanteau (1990). Otters and bio-accumulating pollutants : first data for western France. IUCN Otter Specialist Group Bulletin, 5 : 51-60.

20 Lafontaine, 1995, ibid.

21 Lafontaine, L., De Alencastro, L.F. (Dir.) et al. (1999). Contamination des biocénoses aquatiques par les pesticides et les PCBs : mise au point d'une méthode complémentaire d'évaluation par le biais d'un bio-indicateur intégrateur, la loutre d'Europe. Rapp. CORPEP / Agence de l'Eau Loire-Bretagne / Programmes Européens objectif 5b / Syndicat du Scorff, 75 pp.

22 Lafontaine L. & L.F. De Alencastro (2002). Statut de la loutre d'Eurasie (Lutra lutra L.) et contamination des poissons par les polychlorobiphényles (PCBs) : éléments de synthèse et perspectives. "l'Etude et la Conservation des Carnivores", Actes du 23e Colloque francophone de Mammalogie, SFEPM, Maisons-Alfort, 1999, Chapron & Moutou Eds : 113-119.

23 Ruiz-Olmo J., Lafontaine L., Prigioni C., López-Martín J.M. & Santos-Reis M. (2002). Pollution and its effects on otter populations in south-western Europe. OtterTox Conference Proceedings, Isle of Skye , Scotland. IOSF Journal, 1 : 63-82.

24 Morales C.F. (2002). Phylogéographie de la loutre d'Europe (Lutra lutra) dans la partie occidentale de son aire de répartition. Mémoire DES Université de Liège.

25 Randi et al., 2003. Genetic structure in otter (Lutra lutra) populations in Europe : implications for conservation. Animal Conservation, 6 :1-10.